《刺客信条:本色》的游戏背景设定在文艺复兴时期的意大利。故事主线依然是玩家控制的刺客组织与圣殿骑士的对抗。这部作品中的反派主要是一个名为“乌鸦”的间谍组织。为了消灭“乌鸦”，游戏中的主角借助Animus装置穿越时空，执行一系列暗杀任务。这一